我公司收到了A公司开具的增值税专用发票两张，已认证通过，但是在办理出口退税期间，税局系统显示该两张发票为“作废失控”发票，后经我公司与A公司联系，A公司开具的这两张发票确实没有纳税。请问这两张发票涉及的出口货物，我公司是否可以办理免税?如不能免税，是否还需按内销征税?
答：《出口货物劳务增值税和消费税管理办法》(国家税务总局公告2012年第24号)第八条退(免)税原始凭证的有关规定：
(一)增值税专用发票(抵扣联)
出口企业和其他单位购进出口货物劳务取得的增值税专用发票，应按规定办理增值税专用发票的认证手续。进项税额已计算抵扣的增值税专用发票，不得在申报退(免)税时提供。
《国家税务总局关于金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》(国税函〔2006〕969号)第一条规定，关于防伪税控认证系统发现涉嫌违规发票的处理：
(二)属于“重复认证”、“密文有误”和“认证不符(不包括发票代码号码认证不符)”、 “认证时失控”和“认证后失控”的发票，暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，税务机关扣留原件，移送稽查部门作为案源进行查处。经税务机关检查确认属于税务机关责任以及技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证;不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。属于税务机关责任的，由税务机关误操作的相关部门核实后，区县级税务机关出具书面证明;属于技术性错误的，由税务机关技术主管部门核实后，区县级税务机关出具书面证明。
根据上述规定，贵公司取得的增值税专用发票属于“认证后失控”发票，且不属于税务机关责任及技术性错误造成的，该发票暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。如果对方(销售方)没有申报并缴纳税款的，该发票不得作为增值税进项税额的抵扣凭证且该发票为违规发票。贵公司出口货物不能享受增值税退(免)税政策，应视同内销缴纳增值税。
提示：如果对方(销售方)已申报并缴纳税款的，可按规定享受增值税退(免)税政策，依据如下：
《国家税务总局关于失控增值税专用发票处理的批复》(国税函〔2008〕607号)规定，在税务机关按非正常户登记失控增值税专用发票(以下简称失控发票)后，增值税一般纳税人又向税务机关申请防伪税控报税的，其主管税务机关可以通过防伪税控报税子系统的逾期报税功能受理报税。
购买方主管税务机关对认证发现的失控发票，应按照规定移交稽查部门组织协查。属于销售方已申报并缴纳税款的，可由销售方主管税务机关出具书面证明，并通过协查系统回复购买方主管税务机关，该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。
《国家税务总局关于外贸企业使用增值税专用发票办理出口退税有关问题的公告》(国家税务总局公告2012年第22号)规定：
《国家税务总局关于失控增值税专用发票处理的批复》(国税函〔2008〕607号)规定的允许抵扣的按非正常户登记失控增值税专用发票(以下简称失控增值税专用发票)
外贸企业取得的失控增值税专用发票，销售方已申报并缴纳税款的，可由销售方主管税务机关出具书面证明，并通过协查系统回复购买方主管税务机关。外贸企业可凭增值税专用发票向主管出口退税的税务机关申报出口退税。
