增值税专用发票作为增值税一般纳税人销售货物或者提供应税劳务时开具、购买方按规定据以抵扣进项税额的专用凭证，规范管理与否直接关系到企业的切身利益。就日常抵扣凭证审核中发现的问题进行梳理，提醒企业在实际工作中应注意以下九个方面的问题。
1、防止产生滞留票。增值税转型后，一般纳税人购进机器设备等固定资产的进项税额允许从销项税额中抵扣，而房屋、建筑物等不动产被排除在允许抵扣范围之外。需要提醒纳税人关注的是，不管购进的固定资产能否抵扣进项税额，均要求一般纳税人购进固定资产取得专用发票后必须到主管国税机关进行认证，防止产生滞留票。
2、开具专用发票的时间。纳税人务必按规定的时限开具增值税专用发票，不得提前或滞后，如采用预收货款、托收承付、委托银行收款结算方式的为货物发出的当天;采用交款提货结算方式的为收到货款的当天;采用赊销及分期付款结算方式的为合同约定的收款日期的当天;将货物交付他人代销的为收到委托人送交的代销清单的当天;将货物作为投资提供给其他单位或个体经营者的为货物移送的当天;将货物分配给股东的为货物移送的当天。
3、使用期限。凡经认定为一般纳税人的企业，必须通过防伪税控系统开具增值税专用发票。非防伪税控系统开具的增值税专用发票不得申报抵扣进项税额。正常经营的一般纳税人领用增值税专用发票虽然没有规定使用期限，但被取消一般纳税人资格的纳税人必须及时缴销包括空白专用发票和已使用过的专用发票存根联;一般纳税人发生转业、改组、合并、分立、联营等情况，也必须在变更税务登记的同时，缴销包括空白专用发票和已使用过的专用发票存根联。
4、抵扣期限。一般纳税人认证通过的防伪税控系统开具的增值税专用发票申报抵扣时间仅限于当月，且必须在认证通过的当月按照增值税有关规定核算当期进项税额，否则不予抵扣。对于上月认证通过的专用发票如果上月没有申报抵扣，通常情况下在本月是不能抵扣进项税额的。一般纳税人将外购货物作为实物投资入股，或是无偿赠送给他人，如果被投资者或是受赠者是一般纳税人，可按规定开具增值税专用发票给被投资方，或者根据受赠者的要求开具专用发票。
5、免税商品不能开票。零售烟、酒、食品、服装、鞋帽(不包括劳保专用品)、化妆品等消费品不得开具专用发票的规定仅限制商业企业一般纳税人，这里不包括工业企业一般纳税人。需要注意的是，法律法规另有规定的除外，销售免税货物通常也是不准开具专用发票;小规模纳税人没有领购使用开具增值税专用发票的权利，也不在限制范围内，如需要开具专用发票的，可按规定向主管税务机关申请代开。小规模纳税人申请代开专用发票时，应填写代开专用发票缴纳税款申报单，连同税务登记证副本，到主管税务机关税款征收岗位按专用发票上注明的税额全额申报缴纳税款，同时缴纳专用发票工本费;实行定期定额征收方法的小规模纳税人在正常申报情况下申请代开增值税专用发票，如每月开票金额大于应征增值税税额的，应以开票金额数为依据征收税款，并作为下一年度核定定期定额的依据;如每月开票金额小于应征增值税税额的，则按应征增值税税额数征收税款。
6、丢失处理。一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证;如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的丢失增值税专用发票已报税证明单，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联到主管税务机关认证，专用发票发票联复印件留存备查。一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
7、何时开红字发票。因开票有误购买方拒收增值税专用发票的，销售方必须在专用发票认证期限内向主管国税机关填报申请单，并在申请单上填写具体原因以及相对应蓝字专用发票的信息，同时提供由购买方出具的写明拒收理由、错误具体项目以及正确内容的书面材料，报主管税务机关审核确认后凭通知单开具红字专用发票。
8、退货处理。一般纳税人开具增值税专用发票后发生销货退回、销售折让以及开票有误等情况需要开具红字专用发票的，视不同情况分别按以下办法处理：发生销货退回或销售折让的，纳税人销售货物并向购买方开具增值税专用发票后，由于购货方在一定时期内累计购买货物达到一定数量，或者由于市场价格下降等原因，销货方给予购货方相应的价格优惠或补偿等折扣、折让行为，销货方可按规定开具红字增值税专用发票，并在开具红字专用发票后将该笔业务的相应记账凭证复印件报送主管国税机关备案。
9、保管期限。一般纳税人必须将经税务机关认证相符、用于抵扣进项税额的增值税专用发票作为记账凭证进入账务处理，不得擅自退还给销售方，并按规定将税款抵扣联装订成册，进行妥善保管，保管期限为5年，保存期满后报经主管国税机关查验之后销毁。一般纳税人销售的货物，由先征后返或即征即退改为免征增值税后，如果其销售的货物全部为免征增值税的，应按规定上缴结存的增值税专用发票，没有特殊情况不得领购和使用专用发票。
