1、纳税人取得土地应上交的土地出让金不直接支付给土地部门，而是作为政府部门对企业投资，可否作为计算土地增值税扣除项目？
纳税人取得土地的应上交的土地出让金不直接支付给土地部门，而是作为政府部门对企业投资，如果其金额与土地出让合同确定的土地出让金金额一致，并且取得了土地出让金合法票据，在土地使用权转让计算土地增值税时，应当作为扣除项目。
2、房地产开发企业按“以地补路”的方式取得土地，但是该单位支付修路款时，取得的是政府部门财政收据，支付修路款是否可以作为取得土地使用权支付的金额？
房地产开发企业房地产开发项目的立项文件中或政府的其他文件中包含“以地补路”方式取得土地的内容，如果道路是由其他单位施工的，并且财政部门或其他部门以代付了修路费用，向代付单位支付的修路费取得的是财政收据，可经审核确认后作为取得土地使用权支付的金额；如果道路是由该房地产开发公司直接施工，支付的修路费取得的是财政收据，则不能作为取得土地使用权支付的金额。
3、对于以地补路（工程）的项目，其修路成本和承担工程的成本，能否看作是其取得土地的成本？
土地增值税暂行条例实施细则（财法字（1995）6号）第七条第一款规定：取得土地使用权所支付的金额，是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。考虑到一些房地产开发项目尽管看似无偿取得了土地，实际上取得的土地是承担了修建道路和政府工程成本而获得的补偿，房地产开发公司可以修建道路和政府工程成本作为取得土地所支付的金额，但是应当核实所发生修建道路和政府工程成本的真实性，并有相关的政府文件或者合同（协议）为依据。
4、房地产企业将一些工程尾款挂在应付账款上以保证工程质量，这些应付账款可否计入开发成本。
根据《土地增值税清算管理规程》（国税发〔2009〕91号）第二十一条第一款规定：在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。如果合同约定以部分工程款作为质量保证金，符合合同法规规定的比例要求，并且开具了发票，应当作为房地产开发成本按规定扣除。
《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》（国税函[2010]220号）第二条规定：“房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。”
5、房地产开发企业在进行土地增值税清算时无法完整的提供前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费等开发成本的凭证或资料，如何进行土地增值税的清算？
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第四条第（二）项规定：“房地产开发企业办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的，地方税务机关可参照当地建设工程造价管理部门公布的建安造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。具体核定方法由省税务机关确定。”
如《江苏省地方税务局转发<国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知>的通知》(苏地税发[2007]75号)规定，对房地产开发企业办理土地增值税清算所附送的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的凭证或资料不符合清算要求或不实的，各省辖市地方税务局可参照当地建设工程管理造价部门最新公布的建安造价定额资料‚ 结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。
所以，如果不能完整的提供前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费等开发成本的凭证或资料，可参照当地建设工程管理造价部门最新公布的建安造价定额资料‚ 结合房屋结构、用途、区位等因素，核定上述四项开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。
6、房地产企业发生的编标费、中标费、投标费、招标费、招标监督费，是否可以扣除？
编标费、中标费、投标费、招标费、招标监督费等费用是与工程招标相关的费用，按国家财务会计制度的规定计入有关成本，并按土地增值税政策规定扣除。
7、房地产开发企业所建商品房装修后销售的，装修成本如何扣除？
《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第四条第（四）项规定：“房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本”。
房地产开发企业将所建商品房装修后销售的，如果在计算转让收入时，向购房方收取的装修费用计入计算土地增值税的转让收入的，装修成本可以计入房地产开发成本，按规定扣除，并可作为计算加计扣除金额的基数。如果向购房方收取的装修费用不计入房地产转让收入，则装修费用不可以作为土地增值税的扣除项目。
8、国家税务总局关于印发《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》的通知（国税发[2009]31号）规定，开发间接费包含项目营销设施建造费，在计算土地增值税时开发间接费是否包括项目营销设施建造费？
根据《土地增值税暂行条例实施细则》的规定，开发间接费用，是指直接组织、管理开发项目发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。
因此，计算土地增值税时，项目营销设施建造费不能包含在开发间接费里。
9、纳税人缴纳的规费可不可以作为扣除利息和管理费用的基数？
房地产开发企业取得土地和房地产开发过程中发生的规费，如果按会计制度应当计入取得土地成本、房地产开发成本的，应当作为计算扣除利息和其他房地产开发费用的基数。
10、房地产开发企业向金融机构以外的单位和个人借款利息支出在计算土地增值税时能否扣除（企业总机构统借统还的利息支出是否可以扣除？项目之间的利息费用划分不清，如果所发生的利息和管理费、销售费用总额低于10%，如何扣除？）？
《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字[1995]第006号）第七条第三款规定：财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业区银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的百分之五以内计算扣除。凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条（一）、（二）项规定计算的金额之和的百分之十以内计算扣除。
房地产开发企业向金融机构以外的单位和个人借款利息，无法取得金融机构证明，利息支出和其他房地产开发费用按取得土地使用权支付的金额和房地产开发成本金额之和的百分之十以内计算扣除。
